Od 1932 odbył roczną obowiązkową służbę wojskową, był lekarzem w Szkole Podchorążych Sanitarnych Rezerwy i w stacjonującej w Gdyni Marynarce Wojennej. Po przejściu do rezerwy powrócił do pracy w Państwowym Zakładzie Higieny, ale już w 1933 został przez prof. Feliksa Przesmyckiego oddelegowany do pracy na stanowisku dyrektora Miejskiego Instytutu Higieny w Bydgoszczy. Rok później został powołany na kierownika tworzonej poznańskiej filii Państwowego Zakładu Higieny, przez cztery lata rozwinął ją, wdrożył programy zwalczania chorób zakaźnych oraz wprowadził wzorowy model funkcjonowania. W 1938 rozpoczęła działalność filia Państwowego Zakładu Higieny w Gdyni, która miała docelowo objąć swoim zakresem założony przez Józefa Jakóbkiewicza i działający od 1935 Instytutu Medycyny Morskiej i Tropikalnej. Na filii czele stanął Jerzy Morzycki.
Okres II wojny światowej Podczas kampanii wrześniowej jako lekarz Marynarki Wojennej był zaangażowany w obronę Kępy Oksywskiej i Gdyni. Po załamaniu się linii obrony udało mu się ewakuować do Warszawy personel Instytutu. Od 1940 kierował w warszawskim Państwowym Zakładzie Higieny Oddziałem do Walki z Epidemiami, zorganizował i nadzorował przebieg zwalczania duru plamistego, duru brzusznego i czerwonki.