1 lipca 1998 roku w wyniku kolejnej restrukturyzacji związanej z reorganizacją służby zakwaterowania i budownictwa WRZKB w Szczecinie został podporządkowany bezpośrednio dyrektorowi Departamentu Infrastruktury Ministerstwa Obrony Narodowej i przemianowany na Rejonowy Zarząd Infrastruktury w SzczecinieZarządzenie Ministra Obrony Narodowej nr. 57/org. z dnia 16 października 1997 r. z siedzibami przy ul. Narutowicza 17B oraz ul. Ostrawickiej 16 (baza magazynowo-warsztatowa). Rejon działania objął województwo zachodniopomorskie. mały|240px|lewo|RZI Szczecin. ul. Narutowicza 17B 1 stycznia 2006 roku Rejonowemu Zarządowi Infrastruktury w Szczecinie zostały podporządkowane wojskowe administracje koszar (WAK)Decyzja nr Z-47/Org./P1 Ministra Obrony Narodowej z dnia 29.09.2005 r. w sprawie zmiany podporządkowania i przeformowania Wojskowych Administracji Koszar. 1 stycznia 2008 roku nastąpiła zmiana podległości Rejonowego Zarządu Infrastruktury w Szczecinie, dotychczas podległy pod Departament Infrastruktury Ministerstwa Obrony Narodowej, został wraz z jednostkami podległymi podporządkowany szefowi Inspektoratu Wsparcia Sił Zbrojnych.