Członek rady nadzorczej Banku Spółek Zarobkowych w Poznaniu.
Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został aresztowany przez funkcjonariuszy NKWD 25 września 1939. Początkowo był przetrzymywany we lwowskim więzieniu, a potem przeniesiony do zakładu w Charków. W 1940 został zamordowany w ramach zbrodni katyńskiej. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej, opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 71/2-50, oznaczony numerem 122). Ofiary tej części zbrodni katyńskiej zostały pochowane na otwartym w 2012 Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni. W ramach zbrodni katyńskiej na terenach ukraińskich został zamordowany także Adam Baczewski. Według innych źródeł Stefan i Adam Baczewscy zostali przewiezieni do kopalni w Donbasie, gdzie ponieśli śmierć, lub że Stefan Baczewski miał zostać zamordowany w ramach zbrodni katyńskiej w Charkowie (jednakże zarówno nie wskazała go lista jeńców przetrzymywanych od 1939 do 1940 w obozie w Starobielsku, jak też lista ofiar zamordowanych w Charkowie).
Od 20 października 1920 żoną była Małgorzata z domu Kuncewicz.