Kościół ma wystrój barokowy. Poszczególne przęsła nawy podzielone są przyściennymi filarami, a cały kościół obiega nad tymi filarami profilowane belkowanie. Sklepienie zdobi późnobarokowa polichromia, wykonana prawdopodobnie w dwóch fazach: w części prezbiterialnej - fresk ukończony według opisu wizytacji kościoła przed 1726 r., a w następnych częściach - późniejsza, z ok. 1740 r., wykonana w technice al secco. Starsza część polichromii to w absydzie prezbiterium trzy medaliony, w których przedstawiona została Trójca św. oraz św. Piotr i św. Paweł, a także we wschodnim przęśle nawy w środkowym owalu Matka Boska z Dzieciątkiem wśród aniołów i czterech Ewangelistów oraz postaci św. Joachima i św. Józefa. Natomiast nowa część polichromii to w środkowym przęśle iluzjonistyczna kopuła z kolumnami i ornamentami w stylu regencji oraz postaciami czterech Ojców Kościoła, papieża, biskupów, świętych franciszkańskich. Ostatnia, zachodnia część polichromii (najbliżej drzwi wejściowych) przedstawia w owalu Oko Opatrzności w otoczeniu postaci św. Izydora Oracza, św. Franciszka, św. Anny, św. Jana Chrzciciela oraz dwóch zakonnic.