Klasztor Sanahin w 1235 został spustoszony przez Mongołów, gdy ci zdobyli twierdzę Akner leżącą pomiędzy klasztorami Sanahin i Hachpat. Pewna stabilizacja nastąpiła po podziale Armenii w 1578 pomiędzy Persję a Imperium Osmańskie – wówczas klasztor przez następne 330 lat pozostawał pod władzą perską. W XVIII wieku był remontowany. Gdy znalazł się pod władzą rosyjską, klasztor aż do rewolucji bolszewickiej w 1917 był siedzibą biskupa. W 1920 został zamknięty, po przejęciu władzy w Armenii przez komunistów.
Opis Zespół klasztorny Sanahin, który obecnie funkcjonuje, składa się z czterech kościołów, kaplicy, dwóch narteksów, seminarium duchownego, biblioteki, dzwonnicy, dwóch grobowców rodowych oraz pozostałości murów obronnych.
W centrum znajduje się kościół Matki Bożej (Astwacacin) ufundowany w latach 928-944 przez ród Bagratydów. Jest to bazylika kopułowa na planie krzyża. Kopuła oraz bęben zostały dodane podczas przebudowy w 1652. W 1211 z polecenia księcia Waczesa Waczutiana dobudowanego do niego narteks – trójnawową budowlę przykrytą dwuspadowym dachem podtrzymywanym przez kolumny. Służył on jako miejsce odprawiania porannych i wieczornych modlitw oraz spotkań i zebrań.