Na podstawie Zarządzenia Nr 25 z 12 kwietnia 2013 Komendanta Głównego Straży Granicznej, 1 czerwca 2013 zakończyła funkcjonowanie Placówka Straży Granicznej w Piwnicznej-Zdroju. Dokonane w Karpackim Oddziale Straży Granicznej zmiany organizacyjne były elementem restrukturyzacji całej formacji po przyłączeniu Polski do Strefy Schengen i wynikały z koncepcji funkcjonowania Straży Granicznej na lata 2009–2015. Zadania na terenie sądeckim i gorlickim przejęła Placówka Straży Granicznej w Tarnowie, natomiast teren Limanowszczyzny został powierzony funkcjonariuszom stacjonującym w Zakopanem.
Obiekt, w którym mieściła się Placówka SG w Piwnicznej-Zdroju został przekazany Policji w celu przeniesienia do niego Komisariatu Policji Piwniczna-Zdrój.
Ochrona granicy 15 stycznia 2008 zasięg terytorialny Placówki SG w Piwnicznej-Zdroju został powiększony o Powiat gorlicki, po rozformowanej 14 stycznia 2008 Placówce SG w Koniecznej. Celem takich działań było dostosowanie funkcjonowania straży granicznej do wymogów unijnych.
Podległe przejścia graniczne Piwniczna-Mníšek nad Popradom – do 21.12.2007 Piwowarówka-Piľhov – do 21.12.2007 Eliaszówka-Eliášovka – do 21.12.2007.