Natomiast owariektomia jednostronna wykonywana jest zazwyczaj ze wskazań medycznych (73%; torbiel, endometrioza, nowotwór łagodny, zapalenie jajnika itd.), rzadziej w połączeniu z usunięciem macicy (61%).
Obustronna owariektomia tradycyjnie wykonywana jest prewencyjnie, jako że korzyści związane z uniknięciem raka jajnika przeważają ryzyko związane z usuwaniem jajników. Jednak nie jest jasne, czy profilaktyczna owariektomia bez wiarygodnych wskazań medycznych istotnie zmniejsza długoterminowe ryzyko raka jajnika, wywiera za to w dłuższym okresie szkodliwy wpływ na zdrowie i dobrostan pacjentki.
Prewencja raka jajnika i piersi u chorych z mutacją BRCA W przypadku kobiet o wysokim ryzyku związanym z mutacjami genu BRCA2 usunięcie jajników w wieku około 40 lat przynosi względnie największe korzyści w postaci zwiększenia przeżywalności. Pozytywny efekt redukcji ryzyka raka sutka i raka jajnika prawie równoważą efekty uboczne. Osiągane korzyści są bardziej istotne, kiedy owariektomii towarzyszy profilaktyczna mastektomia.