Skutki długoterminowe Owariektomia wywiera poważne skutki długoterminowe wiążące się głównie z zaburzeniami hormonalnymi i rozciągające się daleko poza menopauzę. Odnotowane ryzyko i skutki uboczne obejmują przedwczesną śmierć, choroby sercowo-naczyniowe, upośledzenie poznawcze i otępienie, parkinsonizm, osteoporozę i złamania kości, pogorszenie dobrostanu psychologicznego i funkcji seksualnych. Hormonalna terapia zastępcza nie zawsze redukuje te skutki uboczne.
Umieralność Owariektomia wiąże się ze znacznie podwyższoną umieralnością długoterminową bez uwzględniania przyczyny, z wyjątkiem sytuacji, gdy wykonuje się ją w prewencji raka u nosicieli mutacji BRCA wysokiego ryzyka. Efekt ten wyraża się zwłaszcza u kobiet, które poddały się zabiegowi w wieku poniżej 45 lat.
Efekt ten nie ogranicza się jednak do kobiet, które przeszły usunięcie jajników przed menopauzą. Wpływu na przeżywalność oczekuje się nawet w przypadku owariektomii wykonanej po 65. roku życia. Zabieg w wieku 50-54 lata zmniejsza prawdopodobieństwo przeżycia do wieku 80 lat o 8 punktów procentowych (z 62% do 54%), w wieku 55-59 o 4 punkty. Pozytywny wpływ na przeżycie ogranicza dodatkowy wzrost ryzyka sercowo-naczyniowego i złamań kości udowej.