Wojna i dalsze losy „Berlin” był jednym z ośmiu niemieckich statków szpitalnych (Lazarettschiffe). Większość z nich, o ile nie wszystkie, po zakończeniu służby w tym charakterze, wykonywały inne zadania, głównie jako statki transportowe dla przewozu personelu wojskowego. 16 lipca 1939 roku wnętrza „Berlin” zaczęto przebudowywać na szpital, a 23 sierpnia wszedł do służby w Kriegsmarine jako Lazarettschiff A. Miał miejsca dla 400 pacjentów, a jego załogę stanowiło 165 ludzi. Początkowo służył na Bałtyku, a następnie na przybrzeżnych wodach Norwegii. Był wówczas rozpoznawany jako „Numer Poczty Polowej 07520”. Na początku 1945 roku „Berlin” miał wziąć udział w operacji Hannibal, wielkiej ewakuacji żołnierzy i ludności cywilnej z Kurlandii, Prus Wschodnich i Zatoki Gdańskiej.
31 stycznia, w trakcie formowania na wysokości Świnoujścia konwoju udającego się na wschód, „Berlin” wszedł na minę, więc został wzięty na hol celem przeprowadzenia go do Kilonii. Wówczas statek trafił na drugą minę, skutkiem czego o godz. 23.53 osadzono go na mieliźnie.