Po dojściu komunistów do władzy Donat Kurti został aresztowany 12 listopada 1946 i oskarżony o próbę utworzenia partii chrześcijańsko-demokratycznej, kształcenie młodzieży w duchu faszystowskim i ukrywanie broni palnej w świątyni. W styczniu 1948 skazany na karę śmierci jako wróg ludu. Wyrok wkrótce zmieniono na karę dożywotniego więzienia. W więzieniach i obozach pracy (Szkodra, Burrel, Beden) Kurti spędził siedemnaście lat. Po wyjściu z więzienia w 1963 powrócił do pracy nad trzecim tomem bajek i nad historią prowincji franciszkańskiej w Albanii. Przygotowywał także tłumaczenie Nowego Testamentu na dialekt gegijski. Po 1967, kiedy Albanię ogłoszono państwem ateistycznym zaprzestał działalności duszpasterskiej i skoncentrował się na pisaniu. Ostatnie lata życia spędził w nędzy, mieszkając w baraku we wsi Fushe Firej k. Szkodry.