W strefie ujścia rzeka Mojave wpływa do dużej śródlądowej delty, zwanej Mojave River Wash, w zachodniej części rezerwatu Mojave National Preserve. W czasie dużych powodzi rzeka dociera do Soda Lake w pobliżu Baker na północy delty, dotarła też w historycznych czasach do Silver Lake, a nawet dalej na północ. Na przykład w czasie niezwykle deszczowej zimy 2005/06 rzeka Mojave płynęła na powierzchni na całym biegu do Silver Lake i wypełniła Soda i Silver Lake na głębokość kilku stópEyewitness dead link|date=May 2011 at VVDailyPress.com.
thumb|left|Wypływ z Mojave River Dam Woda w rzece płynie zwykle pod ziemią, a powierzchniowe kanały są przez większość czasu suche. Występują jednak ekstremalne powodzie. Na przykład w czasie silnego zjawiska El Niño deszcze na pustyni Mojave spowodowały, że 22.02.1992 rzeka Mojave zatopiła przechodzące przez nią mosty. Najbardziej uszkodzona została droga Bear Valley Road, wskutek czego zostały odcięte od siebie Victorville i Apple Valley.