W kwietniu i maju 2004 roku naukowcy z Universiti Malaysia Sabah wyłowili szereg dodatkowych okazów w ramach badań nad bioróżnorodnością rekiniej fauny u wybrzeży malezyjskich stanów Sabah i Sarawak.
Pozycja filogenetyczna i pokrewieństwo C. borneensis z innymi gatunkami są niejasne. Jack Garrick w 1982 roku według analizy filogenetycznej na podstawie cech morfologicznych nie umieścił tego gatunku w pobliżu żadnego z przedstawicieli rodzaju Carcharhinus. W 1988 roku Leonard Compagno uznał, że C. borneensis jest najbliżej spokrewniony z C. porosus, C. sealei, C. sorrah, C. fitzroyensis, C. dussumeri, C. macloti i C. hemiodon, z którymi to tworzy wspólny klad. Badania przeprowadzone przez Gavina Naylora i współpracowników na 595 gatunkach spodustych w 2012 roku wykazują, że takson ten wraz z C. macloti tworzy wspólny klad, siostrzany do kladu, do którego należy C. porosus i drugi nieopisany podobny do niego gatunek. Rekiny te są jednymi z bardziej bazalnych spośród przedstawicieli rodzaju Carcharhinus i zajmują pośrednią pozycję na drzewie ewolucyjnym żarłaczowatych. William White i inni w 2010 roku uznali, że C. borneensis wykazuje podobieństwa do przedstawicieli rodzaju Rhizoprionodon, jak choćby powiększone pory wokół otworu gębowego.