W 1920 roku w Poznaniu założył Towarzystwo Numizmatyczne redagując w latach 1925–1928 „Wiadomości Numizmatyczno-Archeologiczne”. Piastował, w okresie dwudziestolecia międzywojennego, urząd konserwatora zabytków przedhistorycznych na okręg Wielkopolski i Pomorza. W Paryżu, gdzie przebywał na rocznych studiach, zastał go wybuch II wojny światowej. W Boulogne-sur-Mer utrzymując się z lekcji i tłumaczeń przeżył okres wojny. W 1945 roku wyjechał do Włoch, a następnie do Wielkiej Brytanii, pracując tam naukowo. Do Polski powrócił w 1948 roku i osiedlił się w Krakowie, gdzie na UJ prowadził wykłady z numizmatyki średniowiecznej. Zmarł 11 marca 1951 roku w Krakowie. Został pochowany na cmentarzu Salwatorskim (sektor SC6, rząd 10, nr grobu 16).
thumb|240px|Grób prof. Zygmunta Zakrzewskiego na Cmentarzu Salwatorskim Jego dorobek naukowy obejmuje ponad 80 pozycji z zakresu numizmatyki i archeologii.