III Gimnazjum uznano za macierz innych zakładów lwowskich, jako że z jego struktur wykształcały się inne gimnazja: W 1876 dokonano odłączenia z gimnazjum 9 klas jako filię (sekcję) zakładu, która od 1880 funkcjonowała jako osobne C.K. IV Gimnazjum z wykładowym językiem polskim i było ulokowane w starej siedzibie klasztornej przy ulicy Wałowej. W ramach C.K. III Gimnazjum powstała filia, która w roku szkolnym 1890/1891 i 1891/1892 obejmowała cztery niższe klasy gimnazjalne w ośmiu oddziałach, a od 1 września 1892 formalnie działało C.K. V Gimnazjum w wyniku przekształcenia dotychczasowej filii. Ponadto od 1897 istniała trzecia filia C.K. III Gimnazjum, z której 1905 zostało utworzone samoistne C.K. VII Gimnazjum we Lwowie. Po latach III Gimnazjum zyskało miano „macierzy” dla innych lwowskich gimnazjów, które wywodziły się z niego jako filie, a finalnie usamodzielniały się w osobne zakłady.
11 października 1908 odbyły się uroczystości 50-lecia istnienia gimnazjum, podczas których pontyfikalną mszę św. odprawił wychowanek szkoły bp Władysław Bandurski. W 1908 została wydana Księga pamiątkowa półwiekowego jubileuszu Gimnazyum im. Franciszka Józefa I.