Napisy, które na ścianach świątyni pozostawili benedyktyni, usunięto sto lat później na żądanie księcia cieszyńskiego Wacława Adama.
W roku 1620 protestancki pastor Jerzy Floderus z Frysztatu dokonał przebudowy kościoła. W nowej wieży zawieszono 2 dzwony odlane w ludwisarni Hansa Knauffa w Opawie. Kościół został odebrany protestantom w drugiej połowie 1629 roku, po tym, jak Bogumin sprzedano Eliaszowi Henckelowi. W tym samym roku duchowym opiekunem świątyni został Jan Fridrichowski. W 1668 z ofiar zebranych przez wiernych z Olzy, Gorzyc i Łazisk do kościoła od strony północnej dobudowano kaplicę pw. św. Jana (która w 1729 r. została poświęcona św. Janowi Nepomucenowi). Pod podłogą tej kaplicy na koszt właścicieli miasta zbudowano kryptę o powierzchni 20 m², która służyła jako miejsce pochówku do 2 poł. XVIII wieku. Od strony południowej zaś, przed 1688, dobudowano kaplicę Panny Marii Różańcowej. W nocy z 14 na 15 kwietnia 1779 kościół został obrabowany – straty oszacowano na ogromną w tamtych czasach sumę 1968 złotych ryńskich. Najtragiczniejszym dniem dla kościoła był jednak 22 sierpnia 1850. Wtedy w wieżę uderzył piorun, powodując pożar, który uszkodził nie tylko samą wieżę, ale także wiązania dachowe świątyni. Spadające belki przebiły sklepienie kościelnej nawy. Z wyposażenia udało się uratować niewiele.