Dalsze plany proboszcza, który zamierzał znacząco powiększyć cerkiew, przebudować ją w stylu bizantyjsko-rosyjskim i uczynić z niej jedną z najważniejszych świątyń w mieście (symbolicznie przypominającą o konstantynopolitańskiej świątyni Mądrości Bożej), nie mogły być zrealizowane z powodu braku przestrzeni pod budowę obszernego obiektu sakralnego.
W 1908 cerkiew poniosła poważne straty podczas powodzi. Uległy zniszczeniu ikonostasy i szaty przechowywane w zakrystii. W kolejnych latach budynek gruntownie wyremontowano.
W 1922 cenne wyposażenie obiektu zostało skonfiskowane przez władze radzieckie w ramach kampanii konfiskaty kosztowności cerkiewnych. Świątynia była czynna jeszcze przez dziesięć lat. Od 1924 do 1925 była remontowana, wtedy też wstawiono do niej ikonostas z jednej z zamykanych cerkwi w Moskwie. W 1932 została zamknięta. Przechowywana w niej kopia Włodzimierskiej Ikony Matki Bożej z 1697 została przeniesiona do Galerii Trietiakowskiej. Również pozostała część wyposażenia obiektu podległa konfiskacie, jego dalsze losy nie są znane. W budynku zlikwidowanej cerkwi powstał klub robotniczy. Istniał on do 1940, kiedy obiekt zaadaptowano na dom mieszkalny oraz laboratorium termomechaniczne. Dzwonnica od 1960 do 1980 należała do zakładów „Sojuzpodwodgazstroj”.