Był żonaty z Zoją (1888–1980), córką Aleksandra Wołkowickiego (zm. 1913), rzeczywistego radcy stanu i wnuczką Wiktora Wołkowickiego (1834–1911), generała artylerii. Dzieci nie mieli.
24 lipca 1947 Zofia (Zoja) Wołkowicka, w podaniu do Sądu Grodzkiego w Suwałkach napisała, że „mąż mój, pułkownik w stanie spoczynku Wołkowicki Włodzimierz z chwilą wybuchu wojny we wrześniu 1939 został powołany do służby czynnej i w tym celu udał się do Grodna DOK III. W czasie działań wojennych pod Grodnem zginął dnia 20-go września”.
Krzysztof Skłodowski w monografii „Garnizon Suwałki w latach 1921–1939” napisał: „według niepotwierdzonych informacji w drugiej połowie września 1939 [pułkownik Wołkowicki został] aresztowany przez «bandę bolszewicką» w Indurze i wywieziony do Grodna”, natomiast Tadeusz Kryska-Karski w pracy „Straty korpusu oficerskiego 1939-1945”, wydanej w 1996 w Londynie podał, że pułkownik Wołkowicki zginął w 1940 w Warszawie.