Aresztowanie W grudniu 1926 r. Bordiga został znowu zaaresztowany przez faszystowskie władze i wysłany do więzienia na Ustice, włoskiej wyspie na Morzu Tyrreńskim. Tam spotkał się z Gramscim, z którym odnowił przyjaźń i współpracował pomimo różnic politycznych. Bordiga był zmartwiony złym stanem zdrowia Gramsciego, lecz nic nie wyszło z planu zorganizowania jego ucieczki z wyspy. W 1928 Bordigę przeniesiono na wyspę Ponza. Tam zbudował kilka domów, powracając po swoim areszcie w 1929 aby je ukończyć.

Opozycja Po uwolnieniu Bordiga nie wznowił działalności w Partii Komunistycznej, i został tak naprawdę wydalony w marcu 1930 pod zarzutem „popierania, obrony i aprobaty stanowisk opozycji trockistowskiej" i zakłócania pracy partii. Wraz z jego wydaleniem, Bordiga porzucił działalność polityczną aż do 1943 r., oddając się zawodowi inżyniera. W tym okresie odmawiał komentowania spraw politycznych nawet, gdy pytali go zaufani przyjaciele. Jednakże wielu jego dawnych zwolenników w PCd'I udało się na wygnanie i stworzyło tendencję polityczną zwaną często „włoską lewicą komunistyczną”. W 1928 jej członkowie na wygnaniu we Francji i Belgii uformowali „Frakcję Lewicową Komunistycznej Partii Włoch”, która w 1935 stała się „Włoską Frakcją Lewicy Komunistycznej”.