W czasie wojny sukcesyjnej w latach 1733–1735 oraz wojny siedmioletniej w latach 1756–1763 przez Chełmżę przechodziły armie saskie, szwedzkie, rosyjskie oraz zwolenników Stanisława Leszczyńskiego. Miary nieszczęść dopełniła wielka epidemia dżumy 1708–1710 oraz pożar, który strawił niemal całe miasto w 1762 r.
Okres od 1772 do 1920 Po I rozbiorze Polski, 15 września 1772 Chełmża znalazła się w Królestwie Prus, pod zaborem pruskim. Miasto zamieszkiwało wówczas 600 mieszkańców. Władze pruskie rozpoczęły zasiedlanie obszarów ziem polskich zaboru pruskiego przez ludność niemiecką, w większości wyznania protestanckiego. Pod koniec XVIII w. w Chełmży protestanci stanowili 24% ogółu ludności, a w 1910 roku 21,8% (tuż przed odzyskaniem przez Polskę niepodległości)https://sztetl.org.pl/pl/miejscowosci/c/314-chelmza/96-historia-miejscowosci/66534-historia-miejscowosci. W 1781 siedziba biskupów chełmińskich została przeniesiona z Lubawy do Chełmży. W tym czasie nastąpiła ponowna kasata klasztoru franciszkanów.