Jeśli gracz zaufa Macilowi i zabije Wyrocznię, w ten sposób otrzymując trzeci fragment, otrzymuje od Macila kolejne zadanie – zatrzymać działanie fabryki, gdzie Zakon zamienia schwytanych ludzi w „biomechanicznych żołnierzy”. Fabryka ta zbudowana jest na miejscu, gdzie niegdyś spadła kometa. Po wykonaniu misji bohater dowiaduje się, że Macil oszalał; gdy próbuje rozmawiać z Macilem, ten w obłąkaniu mówi, że chce uwolnić „jedynego boga” i atakuje gracza. Po zabiciu Macila bohater uzyskuje kolejny fragment Sigila. Wraca następnie do fabryki, gdzie swoje laboratorium ma Loremaster, kolejny wysoko postawiony członek Zakonu. Po zabiciu Loremastera – i tym samym zdobyciu ostatniego już fragmentu Sigila – najemnik wykorzystuje broń jako klucz, by uzyskać dostęp do miejsca upadku komety. Tam znajduje statek kosmiczny obcej cywilizacji. Wewnątrz statku czeka pozaziemska istota zwana The Entity („Istota”) – to ona jest odpowiedzialna za opanowanie umysłów zmutowanych ludzi i stworzenie Zakonu. Najemnik zabija ją za pomocą Sigila;