Geneza Misa jeziora została wyrzeźbiona przez lodowiec w epoce lodowcowej, który spływał, wielokrotnie się rozgałęziając, z wulkanu Tronador w kierunku zachodnim do Pacyfiku. Tronador, wygasły wulkan na granicy z Argentyną, jest nadal jeszcze pokryty lodowcami. Po cofnięciu lodowca misa wypełniła się wodą i powstało bardzo duże jezioro, którego powierzchnia obejmowała obecne jeziora Llanquihue, Todos los Santos i otaczające tereny. Późniejsza działalność wulkaniczna, a szczególnie wulkanu Osorno oraz wypiętrzenia tektoniczne, rozdzieliły oba jeziora, tak że dzisiaj powierzchnia Todos los Santos leży 100 m wyżej od powierzchni Llanquihue.
Położenie Misa jeziora ciągnie się ze wschodu na zachód przez prawie 40 km. Na zachodzie jezioro ma szerokość ok. 10 km, na wschodzie jest znacznie węższe. Na ok. 10 km w kierunku południowym sięga wąska zatoka Cayute Fjord. Na środku zachodniej części akwenu leży zalesiona wyspa Margarita o powierzchni ok. 100 ha. Całkowita długość linii brzegowej wynosi 125 km. Chociaż jezioro ma zaledwie 1/3 powierzchni jeziora Bodeńskiego, to jego objętość (34,4 km³) ze względu na dużą, średnią głębokość, stanowi 2/3 objętości jeziora Bodeńskiego. Dla porównania – jezioro Mamry, posiadające największą pojemność z polskie jezior, ma tylko ok. 1 km³.