Tuż przed południem 15 września do „Orła” stojącego na redzie podpłynęły trałowiec „Sulev” i awizo „Laine” oraz holownik. Kpt. Grudziński został poinformowany o internowaniu okrętu i załogi. „Orzeł” został zaholowany do basenu portu wojennego w Tallinnie. Estończycy zabrali pomoce nawigacyjne, mapy i dziennik okrętowy, rozpoczęli rozbrajanie załogi i okrętu. Okręt wzięto pod straż: w pobliżu cumowały okręty estońskie, na okręcie wystawiono posterunki – w centrali okrętu, do której doprowadzono łączność telefoniczną z lądem, objął wartę podoficer estoński, przy trapie objął wartę drugi marynarz, kolejny dyżurował przy posterunku straży portowej.
Sprzeciw wobec decyzji estońskiej został wyrażony przez kpt. Grudzińskiego oraz poprzez notę protestacyjną wystosowaną przez polskiego ambasadora Wacława Przesmyckiego. Ambasador powoływał się na poranne ustalenia z władzami portowymi, które udzieliły zgody na skorzystanie z pomocy w Tallinnie i opuszczenie portu w przepisowym czasie po wyjściu niemieckiego statku. Minister spraw zagranicznych Estonii Karl Selter, do którego nota była skierowana, przyznał z przykrością w rozmowie z ambasadorem, że obietnice kmdr. Meere były dane na wyrost. Sprzeciw został odrzucony. Ambasador i attaché wojskowy wobec tego zalecili zastosowanie się do decyzji władz estońskich.