Ponieważ akumulatory były rozładowane w 80% okręt położył się na dnie Zatoki Fińskiej, gdzie pozostał przez resztę nocy i cały następny dzień. Okręty i samoloty estońskie w dniach 19–20 września prowadziły poszukiwania „Orła”, na którym usłyszano 4 echa wybuchów bomb głębinowych. „Orzeł” wynurzył się na powierzchnię dopiero po zapadnięciu ciemności i rozpoczął ładowanie akumulatorów. Następnie skierował się na wody środkowego Bałtyku, gdzie do 7 października 1939 roku kontynuował działania patrolowe, pomimo braku map. Gdy zapasy paliwa i słodkiej wody niebezpiecznie zmalały okręt przedarł się przez Sund do Anglii.
Pokłosie Postępowanie kmdr. Kłoczkowskiego i sposób, w jaki dowodził „Orłem” od chwili rozpoczęcia II wojny światowej, stało się przedmiotem dochodzenia polskiego Morskiego Sądu Wojennego w Londynie. Wyrok wydany dnia 3 sierpnia 1942 roku uznawał kmdr. Kłoczkowskiego za winnego zbrodni przeciwko obowiązkowi wierności żołnierskiej, której przejawem było, m.in., doprowadzenie do internowania i rozbrojenia okrętu wojennego, którym dowodził, a który był w pełni sprawny do prowadzenia działań wojennych. Kmdr Kłoczkowski został skazany na 4 lata więzienia, degradację do stopnia marynarza i wydalenie z Marynarki Wojennej RP.