W wyniku przeprowadzonej reorganizacji we wszystkich oddziałach SG 62 strażnice zostały włączone w struktury gpk..
Ochrona granicy Strażnica SG w Szypliszkach do 4 maja 2000 ochraniała odcinek granicy państwowej o długości ok. 27 km. Od 5 maja 2000 po utworzeniu Strażnicy Straży Granicznej w Puńsku, odcinek odpowiedzialności służbowej został skrócony do 10,5 km.
Wydarzenia 1993 – 5 sierpnia zakończono remont budynku w Szypliszkach, w którym planowano utworzyć strażnicę Straży Granicznej. Budynek i działka o powierzchni 0,5 ha wykupiona została od Spółdzielni Rolniczej za sumę 2 mld. 232 mln starych zł. 1993 – 4 października nastąpiło oficjalne otwarcie strażnicy. 1995 – 24 kwietnia w ramach operacji „skrzydło” w rejon województwa łomżyńskiego i suwalskiego skierowano nieetatowe grupy funkcjonariuszy do prowadzenia obserwacji i przeciwdziałania nielegalnym przelotom i przerzutom emigrantów drogą powietrzną. Wydzielone siły ze strażnic, kompanii odwodowych i Wydziału Ochrony Granicy Państwowej (WOGP) działały przez okres pół roku. 1996 – 25 listopada przebywała w strażnicy SG w Szypliszkach delegacja MSW niemieckich landów: Brandenburgii, Meklemburgii, Saksonii oraz Urzędu Senatora SW Berlina.