W przypadku powzięcia przez organ wątpliwości, organ ten wszczyna postępowania podatkowe, po zakończeniu którego może wydać decyzję: stwierdzającą nadpłatę w wysokości określonej przez podatnika, stwierdzającą nadpłatę w wysokości innej niż określona przez podatnika, oddalającą wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej oraz w okresie między zakończeniem kontroli a wszczęciem postępowania – w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola.
Termin zwrotu nadpłaty następującej po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest szczegółowo uregulowany w art. 77 Ordynacji podatkowej.
Możliwość ubiegania się o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku.