Thomas Winklhofer (ur. 30 grudnia 1970 w Seekirchen am Wallersee) – austriacki piłkarz występujący na pozycji obrońcy, reprezentant Austrii w latach 1993–2001.
Kariera klubowa Karierę piłkarską Winklhofer rozpoczął w klubie SV Seekirchen 1945. Następnie został zawodnikiem Casino Salzburg. W austriackiej Bundeslidze zadebiutował 15 sierpnia 1989 w zremisowanym 0:0 wyjazdowym spotkaniu ze SK Sturm Graz.
W 1989 roku Winklhofer przeszedł do klubu FC Swarovski Tirol. W Swarovskim zadebiutował 31 sierpnia 1991 w wygranym 4:2 wyjazdowym meczu z SK Vorwärts Steyr. Był to jego jedyny mecz w barwach Swarovskiego.
Latem 1992 Winklhofer wrócił do Casino Salzburg. W sezonie 1992/93 został wicemistrzem Austrii. W sezonach 1993/94 i 1994/95 wywalczył mistrzostwo kraju. W kwietniu i maju 1994 wystąpił w obu przegranych 0:1 meczach finału Pucharu UEFA z Interem Mediolan.
Na początku 2001 roku Winklhofer przeszedł do 1. FC Saarbrücken. W niemieckiej drugiej lidze swój debiut zanotował 28 stycznia 2001 w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu ze SpVgg Greuther Fürth. W Saarbrücken grał do końca sezonu 2001/02.
W 2002 roku Winklhofer wrócił do SV Salzburg, zwanej później Red Bull Salzburg. W sezonie 2005/06 został z Red Bullem wicemistrzem, a w sezonie 2006/07 – mistrzem kraju.