W roku 2000 samoloty Sea Harrier zostały połączone z samolotami RAF-u, Harrier GR7, tworząc wspólnie zwartą Grupę Uderzeniową Harrier. W 2004 roku Fleet Air Arm zaczęło wycofywanie wysłużonych Sea Harrierów oraz rozformowanie dywizjonów morskich 800. i 801. NAS (ang. Naval Air Squadron).
Według danych z 1 grudnia 2013 roku Fleet Air Arm liczy 5000 osób personelu, a więc około 20% całkowitej wielkości Royal Navy (nie licząc Royal Marines). Na czele FAA stoi kontradmirał R.G. HardingWyżsi oficerowie sztabowi Royal Navy..
FAA ma na uzbrojeniu zarówno samoloty, jak i śmigłowce; używa takich samych maszyn jak RAF. Trzy typy samolotów wykorzystuje FAA do celów szkoleniowych: piloci wstępny kurs pilotażu przechodzą na małych samolotach śmigłowych Grob Tutor, natomiast kurs obserwatorów posiada, od marca 2011 roku, cztery samoloty Super King 350ER. Trzecim typem jest Hawk T1/1A, który w czasie ćwiczeń systemu wczesnego ostrzegania, walki powietrznej i ataków na okręty, symuluje samolot nieprzyjaciela.