„Zamkiem”, czyli obozem prezydenta Mościckiego, pozostawał w konflikcie zarówno z Generalnym Inspektorem Sił Zbrojnych Edwardem Śmigłym-Rydzem (na tle niechęci do dewaluacji złotego), jak i z ministrem spraw zagranicznych Józefem Beckiem (na tle stosunku do polityki wobec III Rzeszy, której Kwiatkowski był stanowczym krytykiem).
II wojna światowa i Polska Rzeczpospolita Ludowa W obliczu klęski wrześniowej wraz z rządem opuścił Polskę 17 września 1939. W latach 1939–1945 internowany w Rumunii. Premier Władysław Sikorski odrzucił jego prośbę o przyjęcie w skład armii polskiej we Francji, motywując to jego osobistą odpowiedzialnością za klęskę 1939 roku jako członka władz przedwrześniowych.
8 lipca 1945 powrócił do kraju i w latach 1945–1948 był Delegatem Rządu dla Spraw Wybrzeża (jego zastępcą był Kazimierz Strzegocki). Krytykowany przez emigrację polityczną i opozycję w kraju. Zaangażował się w odbudowę gospodarki morskiej. W swoim przemówieniu z 1945 roku stwierdził: „Tu nad bałtyckim wybrzeżem ofiarowuje nam historia szanse, jakich nie mieliśmy od prawie pięciu wieków. Musimy więc skupić wszystkie siły i wszystkie uzdolnienia tkwiące w naszym narodzie, by te możliwości wyzyskać w całej pełni”. Utrzymywał poprawne stosunki z głównymi ówczesnymi politycznymi decydentami Bolesławem Bierutem i Władysławem Gomułką.