Władze Erytrei uznały trzy kościoły chrześcijańskie: Erytrejski Kościół Prawosławny, Kościół rzymskokatolicki oraz Kościół luterański. Chrześcijanie pochodzący z innych kościołów niż z Kościoła prawosławnego doświadczają presji ze strony tego ostatniego. Kościół prawosławny uznaje inne kościoły chrześcijańskie za nowe ruchy religijne, które działają nielegalnie.
W 2007 roku władze usunęły ze stanowiska patriarchę Erytrejskiego Kościoła Prawosławnego, który od tamtej pory przebywa w areszcie domowym. Od 1994 roku władze Erytrei prześladują również świadków Jehowy.
Ucieczki z Erytrei Co miesiąc z Erytrei ucieka ok. 5 tys. osób. Większość Erytrejczyków ucieka z powodu obowiązkowej służby wojskowej, trwającej nieokreślony czas. Uchodźcy z Erytrei uciekają przez Morze Czerwone do sąsiednich państw, a stamtąd do Europy. Do listopada 2014 roku 37 tys. Erytrejczyków szukało schronienia w Europie (w tym samym okresie ubiegłego roku schronienia szukało ok. 13 tys. osób). Najwięcej wniosków o azyl złożono w Szwajcarii, Szwecji i Niemczech.