28 września 1678 roku został aresztowany za sprawą pomówienia o udział w spisku, a następnie zamknięty w więzieniu Newgate. Przejęto korespondencję, zbiory biblioteczne i wszystkie dokumenty zatrzymanego. Wstępne przesłuchania przeprowadziła rada królewska, a w grudniu postawiono go przed sądem razem z Janem Grove i bratem Tomaszem Pickeringiem OSB pod zarzutem udziału w rzekomym tajnym porozumieniu mającym na celu zabójstwo protestanckiego króla Karola II. W procesie przedstawił dowody na to, że w kwietniu kiedy pomawiany był o uczestnictwo w przygotowywanie rzekomego zamachu przebywał poza Londynem. Oskarżonego na podstawie fałszywych zeznań skazano na śmierć za zdradę stanu mimo interwencji w jego obronie króla Karola II. W drodze na śmierć przebaczył swoim prześladowcom i wyznał przywiązanie do wyznawanej religii. Wyrok przez powieszenie i poćwiartowanie wykonano 24 stycznia 1679 roku w Tyburn.
Znaczenie Padł ofiarą nagonki na „papistów”, prowadzonej szczególnie gorliwie przeciwko duchowieństwu katolickiemu realizującemu powołanie wśród wiernych pozostając w łączności ze Stolicą Apostolską i uznających za głowę Kościoła katolickiego papieża.