W tamtym okresie organizmy jelitowe zdolne do zwalczania innych organizmów, szkodliwych dla zdrowia innych, cieszyły się dużym zainteresowaniem. Naukowcy odkryli, że L. reuteri może wydzielać wystarczającą ilość reuteryny, która może powodować pożądane efekty przeciwbakteryjne. Co więcej, okazało się, że do zabicia „dobrych” bakterii jelitowych (m.in. L. reuteri i innych gatunków Lactobacillus) potrzeba 4-5 razy większej ilości reuteryny. To pozwoliłoby L. reuteri usunąć „najeźdźców” zachowując w stanie nienaruszonym naturalną mikroflorę jelit.
Niektóre badania podały w wątpliwość to, że produkcja reuteryny ma zasadnicze znaczenie dla zdrowia. Na początku 2008 roku potwierdzono zdolność L. reuteri do wytwarzania reuteryny w przewodzie pokarmowym, co polepsza jej zdolność do hamowania wzrostu bakterii E. coli. Klaster genów kontrolujących biosyntezę reuteryny i kobalaminy w genomie L. reuteri jest genomową wyspą pozyskaną od nietypowego źródła.