I chociaż obecność broni nuklearnej na pokładzie S-363 nigdy nie została potwierdzona przez władze radzieckie, oficer polityczny okrętu, Wasylij Biesiedin, przyznał po latach, że w niektórych torpedach były głowice nuklearne i że załoga miała je zdetonować w razie próby opanowania okrętu przez Szwedów.
W czasie, gdy trwało przesłuchanie radzieckiego kapitana, nastąpiło załamanie pogody i załoga okrętu nadała sygnał wezwania pomocy. Szwedzkie centrale kontroli radarowej miały trudności ze śledzeniem sytuacji, po części z powodu sztormu, po części za sprawą zakłóceń powodowanych przez radzieckie stacje. Po odebraniu sygnału SOS Szwedzi namierzyli dwie nierozpoznane jednostki nawodne. Wzięto je za okręty radzieckie, które odłączyły od krążącej wciąż w pobliżu flotylli i skierowały się ku szkierom. Zostały namierzone ponownie, gdy przekraczały granicę wód terytorialnych na wysokości Karlskrony. Był to najgroźniejszy moment incydentu. Premier rządu szwedzkiego Thorbjörn Fälldin wydał naczelnemu dowódcy sił zbrojnych rozkaz „utrzymać granicę” (Håll gränsen). Bateria nadbrzeżna, samobieżne działa obrony wybrzeża i stacje minowe postawiono w stan pogotowia. Szwedzkie Siły Powietrzne podniosły samoloty szturmowe, uzbrojone w nowoczesne rakiety typu „powietrze-woda”, a także samolot rozpoznania.