Został założony na początku XIX wieku i jest najstarszym afroamerykańskim kościołem na południu kraju.
Kościół był wcześniej kilkakrotnie niszczony w XIX wieku, pierwszy raz przez wzburzoną ludność, po oskarżeniach skierowanych przeciw jednemu ze współzałożycieli tej kongregacjihttp://www.postandcourier.com/article/20150617/PC16/150619408, i drugi raz w wyniku wstrząsów ziemi w Charleston, które uszkodziły fasadę kościołahttp://www.nps.gov/nr/travel/charleston/ema.htm.. Obecny budynek istnieje od 1891 rokuhttp://www.thenation.com/blog/210305/charleston-massacre-and-cunning-white-supremacy.. Kościół wielokrotnie bywał też obiektem różnych pogróżek ze strony rasistów.
Wielu komentatorów w USA porównywało sytuację z 2015 roku z tą z 1963 roku z Birmingham w Alabamie kiedy Ku Klux Klan zabił 4 osoby i ranił 14 innych w zamachu na pochód czarnoskórych aktywistów przed jednym z kościołów. Wówczas atak ten wzmógł przekonanie wśród Amerykanów, że osoby czarnoskóre powinny być lepiej chronione i mieć zagwarantowane większe prawa obywatelskie przez prawo federalne w USA.