Kontrowersje wzbudziła 27 stycznia 2025, gdy podczas międzynarodowej konferencji zorganizowanej z okazji 80. rocznicy wyzwolenia niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau wypowiedziała słowa: „Na terenie okupowanym przez Niemcy polscy naziści zbudowali obozy, które były obozami pracy, a potem stały się obozami masowej zagłady (…)”. Dzień później przeprosiła za tę wypowiedź, tłumacząc, że nastąpiła na skutek przejęzyczenia. Wypowiedź ta wywołała krytykę m.in. ze strony przedstawicieli Prawa i Sprawiedliwości, którzy np. zarzucili jej wpisywanie się w „antypolską propagandę”.

W związku z wypowiedzią Barbary Nowackiej na temat publikacji 1945–1979. Historia i teraźniejszość, w której stwierdziła, że kłamstwo było na każdej stronie podręcznika, autor książki Wojciech Roszkowski wytoczył jej proces o naruszenie dóbr osobistych.