Wnętrze thumb|upright|Wnętrze kościoła Wnętrze kościoła jest jednonawowe, przykryte sklepieniem kolebkowym, którego łuki wspierają się na szerokim, biegnącym wokół gzymsie. Podłoga pokryta jest marmurem. W kościele są trzy ołtarze. Na końcu prezbiterium podniesionego o jeden stopień w stosunku do reszty kościoła, w bardzo płytkiej apsydzie znajduje się ołtarz główny wykonany z marmuru. W jego nastawie ołtarzowej w stylu barokowym, oflankowanej kolumnami korynckimi, obraz tytularny Niepokalane Poczęcie pędzla XVIII-wiecznego maltańskiego artysty Ġiużeppe Pace. Przedstawia on Najświętszą Dziewicę w otoczeniu aniołów, u Jej stóp św. Klara, św. Łucja, św. Wincenty Ferreriusz oraz św. Paweł.thumb|upright|left|Ołtarz boczny św. Franciszka z Paoli Postać tego ostatniego została domalowana, kiedy kościół przeszedł pod administrację kolegiaty św. Pawła Rozbitka. Po obu stronach ołtarza duże owalne obrazy: Św. Apolonia oraz Św. Agata, oba wyszły w połowie XVII wieku spod pędzla malarza ze szkoły neapolitańskiej. Ołtarz boczny po prawej stronie od wejścia jest pod wezwaniem św. Franciszka z Paoli. Obraz w ołtarzu, przedstawiający świętego, przypisywany jest malarzowi ze szkoły Mattia Pretiego; jest wielce prawdopodobnym, że wyszedł spod pędzla Marii de Dominici. Drugi z ołtarzy bocznych poświęcony jest św.