Kariera aktorska thumb|Michael J. Anderson W 1984 roku, kiedy jeszcze pracował w NASA, poznał studenta szkoły filmowej, Norrisa J. Chumleya, który zaproponował mu nakręcenie filmu dokumentalnego o jego życiu. 30-minutowy film, zatytułowany Little Mike: A Videoportrait of Michael Anderson, zdobył srebrny medal na International Film and Television Awards i zachęcił Andersona do rezygnacji z pracy w NASA i podjęcia studiów aktorskich w Nowym Jorku.
W 1987 roku zadebiutował w kanadyjskim filmie Kraina Wielkich Marzeń
Początkowo otrzymywał niewielkie role. Pod koniec lat 80. spotkał ekscentrycznego reżysera Davida Lyncha, który, zwróciwszy uwagę na jego uwarunkowania fizyczne i dotychczasowe występy, stworzył dla niego specyficzne role w swoich filmach. Pierwszą z nich była postać The Man from Another Place w serialu Miasteczko Twin Peaks. Po tej roli Anderson wystąpił w prequelu Twin Peaks: Ogniu krocz ze mną stając się jedną z najbardziej charakterystycznych postaci tego filmu.