Został awansowany do stopnia kapitana. 5 grudnia 1938 został mianowany na stanowisko naczelnego lekarza 202 Rezerwowego pułku piechoty, powstałego w ramach Śląsko-Cieszyńskiej Półbrygady Obrony Narodowej. Do 1939 był członkiem Lwowskiej Izby Lekarskiej. Do 1939, a także w późniejszych latach figurował pod adresem Rynek 15 w Sanoku.
W okresie mobilizacji 1939 w sierpniu 1939 jednostka została sformowana jako 202 pułk piechoty. Po wybuchu II wojny światowej w szeregach pułku (w składzie 21 Dywizji Piechoty Górskiej w ramach Armii „Karpaty”) J.M. Suchomel odbył szlak kampanii wrześniowej 1939 (Cieszyn, Bielsko-Biała, Pszczyna, Kraków, Tarnogród, Oleszyce). Po klęsce wojny obronnej i rozbiciu pułku Suchomel pracował na stanowisku szefa oddziału rentgenowskiego Szpitala Okręgowego w Chełmie. Stamtąd w okresie trwającej okupacji niemieckiej przedostał się do Sanoka na przełomie kwietnia/maja 1940 (w Krakowie Niemcy przejęli jego mieszkanie). Podczas okupacji niemieckiej zamieszkiwał w Sanoku w poprzednio zajmowanym miejscu, lecz przemianowanym adresem Ringplatz 15. Od 1 czerwca 1940 kierował miejscowym Ośrodkiem Zdrowia i pełnił funkcję lekarza miejscowego więzienia. Zaangażował się w działalność konspiracyjną i został zaprzysiężony w Związku Walki Zbrojnej pod pseudonimem „Janek”, działał także pod kryptonimem „Doktór”.