W sierpniu tegoż roku pełniącym obowiązki przewodniczącego partii został Laurent Wauquiez, wykonywał tę funkcję do listopada 2016.
W listopadzie 2016 Republikanie zorganizowali prawybory przed wyborami prezydenckimi w 2017. W pierwszej turze zagłosowało około 4,3 miliona osób. Wygrał ją François Fillon z wynikiem 44%, przed Alainem Juppé (29%) i Nicolasem Sarkozym (21%). W drugiej turze, w której oddano około 4,4 miliona głosów, zwycięstwo odniósł François Fillon, zdobywając około 67% głosów. Kampania wyborcza kandydata Republikanów załamała się w styczniu 2017 w związku z „Penelopgate”, aferą związanym z zatrudnianiem żony polityka jako asystentki parlamentarnej. Ostatecznie François Fillon zajął 3. miejsce w pierwszej turze głosowania z wynikiem 20% głosów. Po wyborczym zwycięstwie centrowego kandydata Emmanuela Macrona nowym premierem został działacz Republikanów Édouard Philippe. W nowym gabinecie bez zgody władz partii znaleźli się także inni przedstawiciele centroprawicy (np. Bruno Le Maire); w konsekwencji wszyscy zostali wykluczeni z szeregów ugrupowania.