Zwierzęciu zagraża niszczenie jego siedlisk. Lasy, które zasiedla kunołaziec, są wycinane. Drzewa idą na wyręb, a zakłada się plantacje, także palmy olejowej. Na Borneo w miejscu bytowania kunołaźca czarno-białego zaplanowano elektrownie wodne. W efekcie poszczególne populacje stają się coraz bardziej izolowane, a wysiedlani ludzie przenoszą się na nowe tereny, polując i niszcząc lasy. Ssak pada ofiarą polowań, łapiąc się w zastawiane przez myśliwych sieci i wnyki. Nie jest on głównym celem ich polowań, ale jeśli już się okazjonalnie złapie, podlega konsumpcji. Natomiast spotyka się go tak rzadko, że właściwie nie podlega on handlowi międzynarodowemu, do czego przyczynia się także ubarwienie futra. W efekcie nawet nie objęto go załącznikami CITES.
Zwierzę zasiedla tereny chronione, jak Park Narodowy Pulong Tau, Park Narodowy Crocker Range, Park Narodowy Tawau Hills, Kinabalu, Ulu Padas, Imbak Canyon, Maliau Basin-Imbak Canyon. Ujęto go w IUCN Action Plan for the Conservation of Mustelids and Viverrids. Chroni go również miejscowe prawo.