Wydarzenie to spotkało się z opozycją ze strony bogatej ludności białoskórej, która obawiając się powtórzenia rasowej przemocy z rewolucji haitańskiej poprosiła o pomoc wojska kolumbijskie. Rebelię tę zakończył w drugiej połowie 1831 roku kolumbijski pułkownik Juan Eligio Alzuru.
Kolejne rozpowszechnienie się separatystycznych nastrojów miało miejsce w latach pięćdziesiątych XIX wieku, liderem tego ruchu był Justo Arosamena. Przyczyną niezadowolenia Panamczyków było to, że większa część dochodów z transportu przez przesmyk odsyłana była do Kolumbii w ramach podatków. Nasiliło się to zwłaszcza po wybudowaniu przez USA linii kolejowej łączącej brzegi obu oceanów rozdzielanych przez Przesmyk Panamski. Z 250 tysięcy dolarów zapłaconych Kolumbii za ziemie i prawa do prowadzenia linii kolejowej, do Panamczyków trafiło jedynie 25 tysięcy. Dalszy spadek nastrojów biedoty nastąpił w czasie reżimu Rafaela Núñeza, który zwiększył podatki w całym państwie. Wywołało to w 1885 roku niezależne bunty pod wodzą dwóch panamskich Mulatów – i . Zdobyli oni miasta Panamę i Colón, zostali jednak pokonani przez współdziałające siły Kolumbii i Stanów Zjednoczonych.