Biblioteka liczyła w 1939 roku ok. 120 000 woluminów. Zbiory artystyczne zgromadzone w Pałacu Błękitnym uległy niemal całkowitej zagładzie 25 września 1939. Zniszczone zostały kolekcje: medali i monet, militariów, rzeźby, szkła i ceramiki, oraz licząca 400 obrazów i miniatur kolekcja malarstwa. Zniszczeniu uległy też pamiątki rodzinne i historyczne, z których pozostały jedynie pojedyncze obiekty. Z zasobów biblioteki, według oceny ostatniego bibliotekarza, prof. Ludwika Kolankowskiego, zniszczeniu uległo wówczas ok. 50 000 dzieł. Ocalała główna sala biblioteczna wraz z dziesięcioma bocznymi gabinetami i wszystkie znajdujące się tam, według określenia Jana Tomasza Zamoyskiego, walory naukowo-kulturalne.
W okresie okupacji niemieckiej pałac pozostawał w posiadaniu ordynacji, przeprowadzono doraźne remonty. Udało się częściowo uporządkować ocalałe zbiory, prowadzić prace katalogowe i stworzyć na terenie biblioteki tajną placówkę naukową.