W 1509 uzyskali unieważnienie części konfiskat dokonanych w latach 1487-89, a na początku lat 30. XVI wieku dominikański inkwizytor Jean de Roma musiał stawić się przed parlamentem w Aix-en-Provence by odpowiedzieć na zarzuty o stosowanie okrutnych tortur wobec waldensów.
Sytuacja zmieniła się wraz z nastaniem reformacji. Obawiając się infiltracji terytorium papieskiego wokół Awinionu przez protestantów, papież Paweł III polecił wicelegatowi Jacopo Sadoleto utworzenie w Awinionie trybunału inkwizycyjnego. Pierwszym inkwizytorem został dominikanin Bernard Bérard d'Arles, mianowany w kwietniu 1541. Początkowo jednak rola inkwizytora w zwalczaniu herezji protestanckiej była podrzędna, był zaledwie asystentem w trybunale legata papieskiego. Dopiero w 1569 papież Pius V przyznał inkwizytorowi awiniońskiemu takie same kompetencje, jakie mieli inkwizytorzy włoscy. Mimo to, dwóch kolejnych inkwizytorów (w 1571 i w 1590) mianował wciąż legat papieski w Awinionie, a dopiero w 1601 prawo nominacji inkwizytorskich przejęła bezpośrednio utworzona w 1542 Kongregacja Świętego Oficjum w Rzymie.