329..
Gorliwość Ghislieriego bardzo szybko zwróciła uwagę kardynałów zasiadających w utworzonej w 1542 Kongregacji Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji (Świętego Oficjum), organu mającego za zadanie nadzorowanie i koordynację działań inkwizycji w Italii. Jeszcze jako inkwizytor Como był on wysyłany w charakterze komisarza Kongregacji do Bergamo i Ferrary, aż w końcu 3 czerwca 1551 został mianowany komisarzem generalnym Kongregacji Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji. W 1557 został on kardynałem, a w 1566 papieżem Piusem V (1566–1572)Del Col, s. 311, 316, 324..
W drugiej połowie XVI wieku w diecezji Como nadal odbywały się procesy o czary, jednak zachowana dokumentacja wskazuje, że inkwizytorzy Como obrali łagodniejszy sposób podejścia do osób podejrzanych o czary, zgodnie zresztą z nowymi wytycznymi Kongregacji Świętego Oficjum. W XVII i XVIII wieku kilkakrotnie zdarzało się, że inkwizycja w Como interweniowała (z różnym rezultatem) na rzecz osób oskarżonych o czary w regionach diecezji Como należących do SzwajcariiDecker, s. 100, s. 145-155, 195-196, 199-200..