W następnym miesiącu został wikariuszem w Chlewiskach, ale był represjonowany przez służby bezpieczeństwa, w związku z czym wyjechał po miesiącu do Sandomierza, przyjął nazwisko Maciej Janiszewski, pod którym został jesienią proboszczem w Górowie Iławeckim i rozwinął w nim działalność charytatywną. W 1946 roku pod nazwiskiem Felicjan Kowalski podjął studia zaoczne na Wydziale Prawa Kanonicznego Uniwersytetu Warszawskiego oraz na Wydziale Psychologii Klinicznej Państwowej Wyższej Szkoły Higieny Psychicznej w Warszawie, które zakończył w 1952 roku doktoratami z prawa kanonicznego i psychologii. W 1949 roku został kapelanem zakonnego domu dziecka w Płudach, a następnie kapelanem tego zakonu w Warszawie.
W końcu grudnia 1952 roku aresztowany i we wrześniu 1954 roku skazany przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie na karę 4 lat pozbawienia wolności. Wyrok odbywał w Warszawie, a następnie w Potulicach.