Konstrukcja Pocisk MdCN wyposażony jest w identyczne z pociskiem SCALP-EG układy naprowadzania bezwładnościowego, porównywania konturów terenu oraz GPS ze skanerem w podczerwieni (IR). Układ taki zapewnia naprowadzanie bezwładnościowe w fazie startowej i środkowej lotu pocisku z korekcją GPS oraz porównywania konturów terenu, w fazie terminalnej ataku system naprowadzania jest wspomagany przez skanowanie w podczerwieni, co zapewnia celność pocisku rzędu jednego metra. Układ naprowadzania terminalnego w podczerwieni wykrywa oraz identyfikuje cel. Dzięki takiemu układowi naprowadzania pocisk zdolny jest do wielokrotnych zmian kierunku oraz pułapu w trakcie trwania lotu, a także w fazie terminalnej przed uderzeniem w cel.
Z rozwiązań systemu SCALP-EG/Storm Shadow korzysta również system wyboru celów oraz planowania misji. Pocisk jako całość stanowi jednak całkowicie nową konstrukcję – było to podyktowane przede wszystkim koniecznością zmniejszenia średnicy pocisku, celem umożliwienia wystrzeliwania go ze standardowej wyrzutni torpedowej kalibru 533 milimetry. W odróżnieniu od pocisku SCALP, MdCN ma całkowicie cylindryczną formę o długości 5,5 metra z trzema wysuwanymi ogonowymi płaszczyznami kontrolnymi oraz dwoma rozkładającymi się skrzydłami umieszczonymi w dolnej części pocisku.