Trybunał inkwizycji rzymskiej w Besançon – sąd inkwizycyjny z siedzibą w Besançon, stolicy Franche-Comté. Działał w XVI – XVII wieku i należał do struktur inkwizycji rzymskiej. Był kierowany przez dominikanów z paryskiej prowincji zakonnej.
Historia Dzieje inkwizycji w Besançon i Burgundii sięgają XIII wieku. W 1247 papież Innocenty IV zlecił przeorowi konwentu dominikańskiego w Besançon dobór kilku zakonników na inkwizytorów w rejonie Burgundii i Lotaryngii, w celu zwalczania obecnej tam sekty waldensów. Inicjatywa ta jednak zakończyła się fiaskiem, gdyż pełniący funkcję regenta hrabstwa Burgundii Jan, hrabia Chalon, wbrew obietnicom nie udzielił wsparcia finansowego nowemu trybunałowi. W rezultacie w 1255 dominikanie z Besançon poprosili o zwolnienie z tego zadania, a papież Aleksander IV przystał na ich prośbęLea, II, s. 119–120; Tanon, s. 100; Kras, s. 175..
Ponowne zorganizowanie trybunału inkwizycji w tych rejonach nastąpiło w 1290, gdy papież Mikołaj IV utworzył nową prowincję inkwizytorską składającą się z archidiecezji Besançon oraz diecezji Metz, Verdun, Toul, Sion, Lozanny i Genewy. Inkwizytorów w tej prowincji, w liczbie nie więcej niż trzech, miał mianować przeor francuskiej (paryskiej) prowincji dominikanów, mimo że obszary te należały do Cesarstwa, a nie do Królestwa FrancjiLea, II, s. 120;