Jony cząsteczkowe mają dużą masę, dlatego ta metoda nie ma zastosowania dla ich chłodzenia. Współczulne. W tej metodzie chłodzenia temperaturę cząstek pomocniczych w pułapce obniża się metodą laserowego lub radiacyjnego ochłodzenia. Jednocześnie przez oddziaływanie elektryczne cząstek pomocniczych z zasadniczymi obniża się temperatura tych drugich. Problem pojawia się, gdy pomocniczymi cząstkami są elektrony, ponieważ nie mogą być przechowywane równocześnie z jonami w tej samej pułapce, ze względu na inny znak ładunku. W tym celu buduje się pułapki „gniazdowe” składające się z różnych regionów z minimami potencjału dla dodatnich i ujemnych ładunków. Duży zasięg oddziaływania elektrostatycznego prowadzi do równowagi termicznej między różnymi cząstkami w sąsiednich gniazdach pułapki. Metoda ta została z powodzeniem zastosowana w doświadczeniach z wytwarzaniem antywodoru w CERN, w którym przechowywane zimne pozytony są używane do chłodzenia antyprotonów w specjalnie skonstruowanej pułapce.

Pomiar masy Do wyznaczenia masy w pułapce Penninga wykorzystuje się zależność, mówiącą, że stosunek częstotliwości cyklotronowych dwóch cząsteczek o takim samym ładunku, w tym samym polu magnetycznym jest równy odwrotności stosunku ich mas.