Do krótkotrwałej liberalizacji systemu doszło w latach 50. gdy do władzy doszli bardziej postępowi wojskowi – Óscar Osorio (1950–1956) i José María Lemus (1956–1960). Prezydenci ci zainicjowali szereg reform o charakterze socjaldemokratycznym i utworzyli Rewolucyjną Partię Zjednoczenia Demokratycznego, która wiele zaczerpnęła z meksykańskiej Partii Rewolucyjno-Instytucjonalnej. Okres liberalizacji zakończył się w 1960 roku kolejnym puczemWorld Statesmen, El Salvador..
W latach 60. doszło do wybuchu pierwszych walk partyzanckich. W 1969 roku rząd Salwadoru chcąc uspokoić sytuację wewnątrz kraju sprowokował wojnę z sąsiednim Hondurasem która jedynie spotęgowała społeczne niezadowolenieRyszard Kapuściński, Wojna futbolowa, 1978.. Junta po klęsce w wojnie swoją władzę oparła na wsparciu USA które rządzone przez Jimmy’ego Cartera przeznaczały 1,5 miliona dolarów dziennie na finansowanie reżimu. Ludność była terroryzowana przez wojsko, policję i prawicowe bojówki. W tym czasie w kraju szalały szwadrony śmierci z którymi walczyły licznie powstające organizacje partyzanckie tj. Ludowa Armia Rewolucyjna, Ludowe Siły Wyzwoleńcze im. Farabundo Martí czy Siły Zbrojne Oporu Narodowego.