W sierpniu 1981 Komisja Praw Człowieka Salwadoru poinformowała, że od chwili, gdy pierwsza junta objęła władzę, oddziały zbrojne (w tym szwadrony śmierci) zabiły łącznie 32 tys. cywilów. Licznie szwadrony był tworzone przez wpływowych wojskowych (np. Roberto D’Aubuisson dysponował własnym szwadronem Union Guerrera Blanca (Unia Białych Wojowników).
W masowych represjach nie uczestniczyły jedynie szwadrony śmierci lecz również regularne oddziały armii – najbardziej znany przypadek to masowe zabójstwa w kilku gminach departamentu Morazán, określane jako masakra w El MozoteDalton, Juan José, „El Salvador: La masacre en El Mozote”, na stronach internetowych meksykańskiego tygodnika Proceso.. Wojsko (konkretnie Batalion Atlacatl), prowadzące tam operacje antypowstańcze, w dniach 10 – 13 grudnia zabiło kilkuset cywilów (prawdopodobnie ponad tysiąc), a dużo więcej zmusiła do ucieczki do HondurasuComisión Interamericana de Derechos Humanos (2006), „Admisibilidad Masacre El Mozote, El Salvador”, na stronach internetowych UNHCR.. Z drugiej strony także rebelianci łamali prawa człowieka, robili to jednak na o wiele mniejszą skalęNilda Villalta, Historias prohibidas, historias de guerra..