Zastępca dyrektora (Executive Director), w stopniu komandora, odpowiedzialny jest za codzienny nadzór nad działalnością personelu COE CSW. Na podstawie podpisanego pomiędzy NATO i państwami członkowskimi porozumienia (Memorandum of Understanding) w COE CSW utworzono trzy oddziały: Oddział Rozwoju i Współpracy (Development and External Relations – DER) Oddział Ekspercki (Subject Matter Experts – SME) Oddział Analiz i Implementacji (Analysis and Implementation – AI) Dodatkowo powołano trzy sekcje odpowiedzialne za wsparcie działalności COE CSW: Sekcja Finansowa (Financial Control – FC) Sekcja Informatyczna (Information Technology – IT) Sekcja Administracyjna (Administrative Support – AS) Personel niemieckiej 1 Flotylli wspiera działalność COE CSW w zakresie logistycznym oraz zapewnienia bezpieczeństwa. Bazując na doświadczeniach wcześniejszych lat oraz w celu zapewnienia większej efektywności wsparcia transformacji NATO we wszystkich czterech obszarach działalności, od stycznia 2015 COE CSW wprowadziło nową strukturę organizacyjną.